В секторе начальной загрузки указано положение сегментов данных MFT и зеркального файла MFT.

Файловая система NTFS образована десятью служебными файлами:

• $MFT — таблица MFT; 
• $MFTmirr — резервная копия первых 16 записей MFT (Mirror record); 
• $LogFile — файл регистрации, или журнала; 
• $Volume — служебная информация (метка тома, версия файловой системы); 
• $AttrDef — список стандартных атрибутов файлов текущего тома; 
• $ — корневой каталог; 
• $Bitmap — карта свободного места тома; 
• $Boot — загрузочный сектор (если раздел загрузочный); 
• $Quota — файл, в котором записаны права пользователей на использование дискового пространства; 
• $Upcase — таблица соответствия символов Unicode в именах файлов на текущем томе. 

Служебные файлы содержат таблицы занимаемых файлами кластеров и атрибутов файлов, историю транзакций (операций, проведенных с файлами), корневой каталог и т.д. Их имена начинаются с символа $, а сами файлы просмотреть обычными средствами ОС невозможно.

Главная файловая таблица MFT — довольно большой файл. Первые 16 строк таблицы называются метафайлами и содержат служебную информацию о самой таблице. Начиная с семнадцатой, записи главной файловой таблицы используются собственно файлами и папками, которые тоже рассматриваются как файлы NTFS.

Журналирование — важное свойство NTFS. Любое действие с файлами (удаление, перемещение, копирование) рассматривается как транзакция. Транзакция либо совершается полностью и корректно, либо не совершается вообще. О выполняемой транзакции сначала делается запись в журнале ($logfile).

Например, происходит запись данных на диск. Вдруг обнаруживается, что там, куда предполагается внести очередную порцию данных, запись невозможна — секторы повреждены физически. Транзакция записи откатывается целиком — система «знает», что действие не состоялось. Кластер помечается как сбойный (bad cluster), а данные записываются в другое место — начинается новая транзакция.

Благодаря дублированию записей MFT и журналированию, NTFS является отказоустойчивой файловой системой. Эти механизмы облегчают и восстановление данных в случае, когда логическая структура всетаки нарушилась.

Интересная особенность NTFS:

Наличие жестких и символьных ссылок. Несколько имен файлов могут быть связаны с одними и теми же кластерами, хранящими данные. За счет этого один файл может обладать разными псевдонимами (aliases), и в Windows 7 такая возможность активно используется.